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Jan 28, 2024

Bruker lancia lo spettrometro di massa timsTOF Ultra con sensibilità trasformativa

By Heather Hall | June 8, 2023 At the 71st ASMS meeting, Bruker Corporation

Di Heather Hall | 8 giugno 2023

Al 71° meeting ASMS, Bruker Corporation ha annunciato la sensibilità trasformativa sulla piattaforma 4D-Proteomics timsTOF con il lancio del nuovoSpettrometro di massa timsTOF Ultra . Incorpora una nuova sorgente ionica Captive Spray Ionization (CSI) Ultra con capillare più grande e flusso di gas a vortice ottimizzato, una nuova cella XR TIMS (separazione della mobilità ionica intrappolata) di quarta generazione e un digitalizzatore a 14 bit. ILtimsTOF Ultra può identificare oltre 55.000 peptidi che si mappano in 5.000 gruppi proteici a livello di singola cellula con un carico proteico di 0,125 ng, con FDR dell'1% e oltre 4.800 gruppi proteici quantificati con CV <20%. Questa sensibilità rivoluzionaria e le prestazioni di quantificazione al di sotto del livello di carico proteico di 1 ng stabiliscono un nuovo punto di riferimento. La sensibilità senza pari, unita alla comprovata robustezza della piattaforma timsTOF e al ciclo di lavoro PASEF ora fino a 300 Hz per MS/MS, offre ulteriori miglioramenti significativi delle prestazioni per quantità di campioni ultrabasse, inclusa la proteomica unicellulare imparziale e la lipidomica unicellulare , proteomica spaziale imparziale, immunopeptidomica, fosfoproteomica, analisi PTM e studi di interazione proteina-proteina (PPI).

"Il flusso di lavoro dia-PASEF con sensibilità a singola cellula sul timsTOF Ultra ha portato la nostra ricerca sulla proteomica tissutale a basso input a un nuovo livello. Utilizzando un gradiente LC a nanoflusso di 20 minuti combinato con il metodo dia-PASEF ottimizzato di Bruker (finestra 3×8) , ora possiamo quantificare in modo riproducibile 1.500 – 2.000 proteine ​​dal tessuto FFPE di fegato di topo microdissezionato al laser di soli 1.500 µm2, regioni corrispondenti a circa 1-2 epatociti," ha affermato il Dott. Fabian Coscia, leader del gruppo di Proteomica Spaziale presso il Centro Max Delbruck , Berlino.

Questi progressi di timsTOF Ultra sono stati ottenuti senza compromettere l'eccellente robustezza per la proteomica ad alto rendimento, ad esempio, a 50 campioni al giorno (SPD), o addirittura fino a 398 SPD, né la più alta confidenza di identificazione di <1% di peptide e <1 % FDR proteici (tassi di false scoperte), evitando la reattività crociata osservata con metodi di riconoscimento immunitario mirati.

"Per comprendere veramente i meccanismi e le malattie cellulari, è fondamentale distinguere tra i vari tipi di cellule. Sebbene l'analisi di singole cellule abbia cambiato le regole del gioco, dobbiamo affrontare ostacoli nel massimizzare il suo potenziale in termini di produttività e di gruppi proteici che possono essere analizzati. Sarebbe senso biologico per rilevare 6000 o più proteine ​​in un esperimento su singola cellula. timsTOF Ultra ha superato queste barriere, permettendoci di esplorare il proteoma delle singole cellule con velocità e sensibilità senza precedenti. Grazie a timsTOF Ultra, l'analisi su singola cellula ha raggiunto nuovi traguardi e sono entusiasta di vedere dove questa svolta ci porterà in futuro", ha affermato il professor Dr. Karl Mechtler, responsabile della proteomica presso l'Innovation Hub dell'Istituto di ricerca per la patologia molecolare (IMP), Istituto Gregor Mendel (GMI), e l'Istituto di biotecnologia molecolare dell'Accademia austriaca delle scienze (IMBA).

Bruker introduce ancheVista Scan software per sincronizzare la rampa TIMS con la scansione del quadrupolo per beneficiare ulteriormente delle informazioni sulla mobilità ionica su larga scala. Questa sofisticata rampa dinamica collegata supporta il romanzomedia-PASEFmodalità, introdotta da Stefan Tenzer.

"Il nostro laboratorio si concentra su metodi per la proteomica quantitativa che richiedono la massima sensibilità e la massima estrazione di informazioni. Insieme a Bruker, abbiamo sviluppato la nuova modalità di acquisizione a scansione PASEF con diametro massimo di informazioni (midia) che offre sensibilità di acquisizione indipendente dai dati (dia), trasformando i dati in spettri simili ad acquisizione dati-dipendenti (dda). Il potenziale del midia-PASEF per l'immunopeptidomica e la fosfoproteomica è particolarmente entusiasmante", ha affermato il Dott. Stefan Tenzer, professore di proteomica quantitativa e capo della MS Core Facility, Università Johannes Gutenberg di Magonza .

Bruker ha la licenza esclusivamedia-PASEFdell'Università Johannes Gutenberg di Magonza e prevede di rilasciarlo